Một trong những nhà sáng lập công ty là Hatta Yoko, ban đầu bà được tuyển dụng vào Mushi Production, nhưng đã nhanh chóng rời khỏi studio và đến Kyoto sau khi kết hôn với Hatta Hideaki. Kyoto Animation được thành lập vào năm 1981 bởi cặp vợ chồng này, chức vụ trong công ty do Hideaki chủ tịch và Yoko là phó chủ tịch[2] Đây là một công ty trách nhiệm hữu hạn vào năm 1985 và về sau trở thành một tập đoàn chính thức vào năm 1999.[3] Biểu trưng của Kyoto Animation dựa trên chữ kanji kyō (京), chữ đầu của Kyoto. [4]

Hỏa hoạn năm 2019

Vào ngày 18/7/2019, vào lúc 10:30 (giờ địa phương), một người đàn ông 41 tuổi đã mang dao và 40 lít xăng vào trụ sở đầu tiên và tưới khắp lầu một và một người ở đó, chặn cầu thang và phóng hỏa bất cứ ai có ý định chạy trốn. Nghi phạm sau đó bị thương và được đưa vào bệnh viện cấp cứu. Vụ hoả hoạn đã thiêu rụi một nửa tòa nhà cùng nhiều vật dụng và làm nhiều người bị thương nặng. Theo sở cảnh sát Kyoto, có ít nhất 34 người đã thiệt mạng và 36 người khác bị thương nặng trong đó có rất nhiều đạo diễn tên tuổi của Kyoto Animation. Sở cũng nhận định đây là "vụ cố ý giết người nghiêm trọng nhất kể từ thời Heisei tại Nhật Bản".